Horizon Air a fost format în mai 1981 de Milt Kuolt, Joe Clark și Bruce McCaw, cu planuri inițiale de a zbura în Hawaii, dar ulterior s-a schimbat pentru a servi statul Washington. Compania aeriană a început operațiunile la 1 septembrie 1981, cu trei avioane Fairchild F-27. Sediul său se afla într-o zonă care se află acum în SeaTac, Washington.prima rută Horizon Air a fost de la Yakima la Seattle și o săptămână mai târziu, Pasco la Seattle. Birourile generale ale Horizon Air au fost operate dintr-o casă veche din spatele aeroportului Sea-Tac. Horizon a achiziționat Air Oregon la 17 iunie 1982, după ce ambele companii aeriene pierdeau sute de mii de dolari lunar, pentru a-și consolida și reduce deficitul operațional. Horizon a fost de acord să cumpere Transwestern Airlines din Utah în septembrie 1983, încă o dată pentru a încerca să reducă deficitul de funcționare al companiei aeriene.
un singur Fokker F28 Fellowship twin jet, achiziționat în iulie 1984 de la un transportator African, a fost primul jet deținut de Horizon Air (cu toate acestea, primul jet operat de Horizon a fost închiriat umed Douglas DC-9-10).
o ofertă publică inițială a avut loc în 1985 pentru a asigura capitalul operațional, care, după doar un an profitabil de la înființare, era necesar pentru a menține compania aeriană pe linia de plutire. În acea vară, Horizon a încheiat primul său acord de partajare a codurilor cu United Airlines, iar pe 8 septembrie, Horizon a semnat un acord cu De Havilland Canada pentru a începe achiziționarea primului avion nou al companiei aeriene, De Havilland Canada Dash 8-100 twin turbopropulsor.
la sfârșitul anului 1985, Horizon a încheiat un acord de cumpărare a concurentului lor principal din Washington, Cascade Airways, dar până la începutul anului 1986 au fost eliberați din acord. Discuțiile de fuziune dintre cei doi începuseră la sfârșitul anului 1982.
în ianuarie 1986, compania aeriană a devenit transportator internațional când a început serviciul către Calgary, Alberta, în asociere cu Cascade Airways.Alaska Airlines a încheiat un acord pentru a achiziționa Horizon Air în noiembrie 1986. Cu un an înainte, Alaska a suferit o restructurare corporativă majoră, compania aeriană fiind acum deținută de Alaska Air Group, o companie aeriană Holding. Conform Acordului, Alaska Air Group a devenit proprietarul Horizon Air după aprobarea de către Departamentul de transport la sfârșitul lunii decembrie. Alaska Air Group a continuat să opereze Horizon ca companie aeriană cu marcă separată, cu un acord de partajare a codurilor cu noua sa companie aeriană soră, Alaska, în timp ce își încheie partajarea codurilor cu United Airlines.
în 1988, Horizon a semnat un acord de partajare a Codului cu Northwest Airlines.
Serviciul Internațional a fost extins în mai 1989 cu zboruri către Vancouver și Victoria în British Columbia, folosind ambele Dash 8-100s și Fairchild Swearingen Metroliner turbopropulsor aeronave.
Horizon a fost clientul de lansare pentru turbopropulsorul Dornier 328, intenționând să înlocuiască Metroliners cu acest nou avion care promitea viteză și confort la egalitate cu jetliners. Ca recunoaștere a ordinului, Dornier a pictat al doilea prototip al modelului 328 în culori Horizon. Douăsprezece aeronave au fost livrate între noiembrie 1993 și noiembrie 1995, dar au fost eliminate rapid în 1997 în favoarea standardizării flotei la seria Dash 8 de turbopropulsoare.de-a lungul istoriei sale, Horizon a operat fie ca transportator independent, fie ca afiliat regional al Alaska Airlines pentru cea mai mare parte a istoriei sale, cu excepția perioadei 2004-2007, când a operat Bombardier CRJ-700 aeronave în numele Frontier Airlines.
la sfârșitul anului 2010, compania-mamă a Horizon, Alaska Air Group, a luat decizia de a nu mai Opera horizon ca o companie aeriană regională separată. Începând cu 1 ianuarie 2011, Horizon a trecut la un model de afaceri al contractului de cumpărare a capacității (CPA), care devenise până atunci standardul regional al industriei aeriene. În cadrul CPA, Horizon operează și întreține aeronavele sale, în timp ce Alaska Airlines este responsabilă pentru programarea, comercializarea și stabilirea prețurilor tuturor zborurilor. Ca parte a schimbării la noul model de afaceri, marca Horizon Air a fost retrasă și toate avioanele Horizon au fost revopsite cu o livră „Alaska Horizon” Co-branded.
Alaska Airlines a încheiat un contract de achiziție de capacitate similar cu SkyWest Airlines în Mai 2011. Ca parte a acordului, managerii Alaska Air Group au fost de acord să vândă flota Horizon de cinci avioane cu reacție regionale Bombardier CRJ-700 către SkyWest, care a folosit aeronava pentru a opera șase rute de pe coasta de Vest ca „Alaska SkyWest”. Mișcarea a lăsat orizontul cu o flotă formată dintr-un singur tip de aeronavă; Bombardier Dash 8-Q400 turbopropulsor.
Horizon a anunțat în aprilie 2016 că își va extinde flota și va opera din nou la nivel regional jets, plasarea unei comenzi pentru 30 Embraer 175 avioane. Comanda este cea mai mare din istoria companiei aeriene și a fost extinsă ulterior la 33 de avioane.
compania aeriană a cunoscut o perioadă de turbulențe în 2017. Pe fondul creșterii fără precedent (stimulată de adăugarea noii aeronave), Horizon a cunoscut o lipsă severă de pilot, forțând compania aeriană să anuleze sute de zboruri și să întârzie livrarea de noi aeronave. Deficitul de pilot a făcut parte dintr-o problemă mai largă care afectează toate companiile aeriene regionale, dar a lovit Orizont deosebit de greu. După ce industria aeriană a început să-și revină în 2013, după o recesiune de un deceniu, transportatorii aerieni principali au început să angajeze piloți, în principal de la transportatori regionali care oferă salarii mici și oportunități limitate de avansare. Piloții de transportatori regionali mai experimentați s-au mutat pe linii principale cu plată mai mare. Horizon a răspuns cu o plată crescută drastic pentru echipajele de zbor și a lucrat cu Alaska, compania aeriană soră, pentru a crea mai multe oportunități de avansare. Ca urmare, există un aflux de piloți noi, tineri, cu mai puțină experiență.ca răspuns la criză, Alaska și-a mutat unele zboruri de la Horizon la celălalt partener regional, SkyWest Airlines. A fost o mișcare pe care CEO-ul Horizon a descris-o drept „descurajantă.”Din cauza schimbării, SkyWest a comandat avioane Embraer 175 suplimentare pe care le va zbura spre Alaska.la sfârșitul anului tulburat, CEO-ul Horizon, Dave Campbell, a anunțat că va demisiona începând cu 5 ianuarie 2018, din motive personale. Gary Beck a devenit CEO în ianuarie 2018. În noiembrie 2019, fostul pensionar al companiei Joe Sprague s-a întors la Horizon Air în calitate de președinte.începând din octombrie 2020, compania aeriană are sediul central în suburbia Seattle din SeaTac, Washington, nu departe de Aeroportul Internațional Seattle–Tacoma, iar baza principală de întreținere a companiei aeriene se află la Aeroportul Internațional Portland. Horizon consideră, de asemenea, aeroporturile Seattle–Tacoma și Portland ca fiind hub-urile sale.