como vimos na especiação, o principal factor na definição das espécies é o isolamento reprodutivo, a falta de cruzamento com outros grupos ou o isolamento reprodutivo. Este passo crucial pode ocorrer de muitas maneiras diferentes. Alguns são tão dramáticos quanto as cadeias de montanhas que crescem entre as populações e outros são tão sutis quanto a incompatibilidade química dos gâmetas.

Existem duas categorias principais de isolamento reprodutivo: prezigótico e pós-zigótico. O isolamento prezigótico ocorre antes que a formação de um zigoto possa ocorrer. Na maioria dos casos o acasalamento nem sequer ocorre. Formas de isolamento prezigótico incluem isolamento espacial, comportamental, mecânico e temporal. O isolamento pós-zigótico ocorre após os membros de duas espécies diferentes terem acasalado e produzido um zigoto. A descendência de tal acasalamento é chamada de híbrido. Híbridos são frequentemente incapazes de se reproduzir, de modo que a produção de um híbrido não é considerado um acasalamento bem sucedido. Os híbridos são impedidos de reproduzir-se por anormalidades de desenvolvimento que os impedem de amadurecer sexualmente, doença que faz com que a maioria morra antes de atingir a maturidade sexual, ou por esterilidade.