organizmy niepatogenne to te, które nie powodują choroby, uszkodzenia lub śmierci innego organizmu i są zwykle używane do opisu bakterii. Opisuje właściwość bakterii – jej zdolność do wywoływania chorób. Większość bakterii jest niepatogenna. Może opisywać obecność bakterii nie powodujących choroby, które normalnie przebywają na powierzchni kręgowców i bezkręgowców jako komensale. Niektóre niepatogenne mikroorganizmy są komensalami na ciele zwierząt i są nazywane mikrobiotą. Niektóre z tych samych mikroorganizmów niepatogennych mogą powodować choroby lub być patogenne, jeśli wejdą do organizmu, rozmnażają się i powodują objawy infekcji. Osoby z obniżoną odpornością są szczególnie narażone na bakterie, które są zazwyczaj niepatogenne, ale z powodu upośledzonego układu odpornościowego choroba występuje, gdy bakterie te uzyskują dostęp do wnętrza organizmu. Zidentyfikowano geny predysponujące do choroby i zakażenia bakteriami niepatogennymi przez niewielką liczbę osób. Nonpathogenic E.szczepy coli zwykle występujące w przewodzie pokarmowym mają zdolność do stymulowania odpowiedzi immunologicznej u ludzi, chociaż potrzebne są dalsze badania w celu określenia zastosowań klinicznych.

Mechanizmy leżące u podstaw stanu zapalnego w POChP. Nabłonek dróg oddechowych ma złożoną strukturę: składa się z co najmniej siedmiu różnych typów komórek oddziałujących ze sobą za pomocą ciasnych połączeń. Ponadto wywołania nabłonkowe mogą dostarczać sygnały do tkanek leżących u ich podstaw, biorących udział w mechanizmach wrodzonej i adaptacyjnej obrony immunologicznej. Kluczowymi przekaźnikami sygnałów są komórki dendrytyczne. Gdy bakteria chorobotwórcza (np. S. pneumoniae, P. aeruginosa) aktywuje określone receptory rozpoznawania wzorców na/w komórkach nabłonkowych, prozapalne szlaki sygnałowe są aktywowane. Powoduje to głównie wytwarzanie IL-1, IL-6 i IL-8. Cytokiny te indukują chemotaksję do miejsca zakażenia w komórkach docelowych (np. neutrofile, komórki dendrytyczne i makrofagi). Z drugiej strony przedstawiciele standardowej mikrobioty wywołują jedynie słabe sygnały zapobiegające stanom zapalnym. Mechanizm rozróżniania nieszkodliwych i szkodliwych bakterii zarówno na poziomie molekularnym, jak i fizjologicznym nie jest całkowicie poznany.

konkretny szczep bakterii może być niepatogenny u jednego gatunku, ale patogenny u drugiego. Jeden gatunek bakterii może mieć wiele różnych typów lub szczepów. Jeden szczep gatunku bakterii może być niepatogenny, a inny szczep tej samej bakterii może być patogenny.