Horizon Air został założony w maju 1981 roku przez Milta Kuolta, Joe Clarka i Bruce 'a McCaw’ a, z początkowymi planami lotu na Hawaje, ale później zmieniono go na służbę w stanie Waszyngton. Linia rozpoczęła działalność 1 września 1981 roku, posiadając trzy samoloty Fairchild F-27. Jego siedziba znajdowała się na obszarze, który obecnie znajduje się w SeaTac w stanie Waszyngton.
pierwszą trasą linii Horizon Air była trasa z Yakima do Seattle, a tydzień później Pasco do Seattle. Główne biura Horizon Air były obsługiwane ze starego domu za lotniskiem Sea-Tac. Horizon nabył Air Oregon 17 czerwca 1982 roku, po tym jak obie linie traciły setki tysięcy dolarów miesięcznie, w celu konsolidacji i zmniejszenia deficytu operacyjnego. Horizon zgodził się na zakup Transwestern Airlines z Utah we wrześniu 1983 roku, po raz kolejny próbując zmniejszyć deficyt operacyjny linii lotniczych.samolot Horizon Air Fokker F28 na Międzynarodowym Lotnisku w Oakland w 1995 roku był pierwszym odrzutowcem Fokker F28 F28 Fellowship, zakupionym w lipcu 1984 roku od afrykańskiego przewoźnika.odrzutowiec należący do Horizon Air (jednak pierwszym odrzutowcem eksploatowanym przez Horizon był wydzierżawiony na mokro Douglas DC-9-10).
pierwsza oferta publiczna miała miejsce w 1985 r.w celu zabezpieczenia kapitału operacyjnego, który po zaledwie jednym dochodowym roku od założenia był potrzebny do utrzymania linii lotniczej na powierzchni. Tego lata Horizon podpisał pierwszą umowę codeshare z United Airlines, a 8 września podpisał umowę z De Havilland Canada na zakup pierwszego nowego samolotu de Havilland Canada Dash 8-100 twin turboprop.
pod koniec 1985 roku Horizon zawarł umowę na zakup swojego głównego konkurenta w Waszyngtonie, Cascade Airways, ale na początku 1986 roku zostali zwolnieni z umowy. Pod koniec 1982 roku rozpoczęły się rozmowy o fuzji.
w styczniu 1986 roku linia stała się międzynarodowym przewoźnikiem, gdy rozpoczęła obsługę do Calgary w Albercie, we współpracy z Cascade Airways.
Alaska Airlines zawarły umowę na przejęcie Horizon Air w listopadzie 1986 roku. Rok wcześniej Alaska przeszła poważną restrukturyzację korporacyjną, a linia lotnicza jest obecnie własnością Alaska Air Group, holdingu lotniczego. Na mocy umowy Alaska Air Group stała się właścicielem Horizon Air po zatwierdzeniu przez Departament Transportu pod koniec grudnia. Alaska Air Group kontynuowała działalność jako odrębna linia lotnicza pod marką Horizon, podpisując umowę o współdzieleniu z nową siostrzaną linią lotniczą Alaska, kończąc jednocześnie współdzieleniu z United Airlines.
w 1988 roku Horizon podpisał umowę code share Z Northwest Airlines.
międzynarodowa usługa została rozszerzona w maju 1989 roku o loty do Vancouver i Victorii w Kolumbii Brytyjskiej, używając zarówno samolotów Dash 8-100s, jak i Fairchild Swearingen Metroliner turboprop.
Horizon był pierwszym klientem turbośmigłowego Dorniera 328, który zamierzał zastąpić Metrolinery nowym samolotem, który obiecywał prędkość i komfort na równi z odrzutowcami. W uznaniu zamówienia Dornier namalował swój drugi prototyp 328 w barwach Horizon. Dwanaście samolotów dostarczono między listopadem 1993 a listopadem 1995 roku, ale szybko wycofano je w 1997 roku na rzecz standaryzacji floty do serii Dash 8 turbośmigłowych.
w całej swojej historii Horizon działał jako samodzielny przewoźnik lub jako regionalny oddział Alaska Airlines przez większość swojej historii, z wyjątkiem lat 2004-2007, kiedy obsługiwał samoloty Bombardier CRJ-700 w imieniu Frontier Airlines.pod koniec 2010 roku, spółka dominująca Horizon, Alaska Air Group, otrzymała oznaczenie Bombardier Dash 8-Q400 w barwach Alaska Airlines, odzwierciedlające odejście marki Horizon Air
, podjął decyzję o zaprzestaniu działalności Horizon jako odrębnej regionalnej linii lotniczej. Począwszy od stycznia 1，2011, Horizon przeniósł się do modelu biznesowego umowy sprzedaży zdolności (CPA), który w tym czasie stał się regionalnym standardem branży lotniczej. Zgodnie z CPA Horizon obsługuje i konserwuje swoje samoloty, a Alaska Airlines jest odpowiedzialna za planowanie, marketing i wycenę wszystkich lotów. W ramach zmiany na nowy model biznesowy Marka Horizon Air została wycofana, a wszystkie samoloty Horizon zostały przemalowane z oznaczeniem „Alaska Horizon”.
Alaska Airlines zawarły podobną umowę kupna zdolności z SkyWest Airlines w maju 2011 r. W ramach umowy menedżerowie Alaska Air Group zgodzili się sprzedać flotę Horizon pięciu samolotów Bombardier CRJ-700 Regional Jet firmie SkyWest, która używała samolotów do obsługi sześciu tras zachodniego wybrzeża jako „Alaska SkyWest”. Ruch w lewo z flotą składającą się z jednego typu samolotu; Bombardier Dash 8-Q400 turboprop.
Horizon ogłosił w kwietniu 2016 roku, że rozszerzy swoją flotę i ponownie będzie obsługiwać loty regionalne odrzutowców, składając zamówienie na 30 samolotów Embraer 175. Zamówienie jest największym w historii linii lotniczych i zostało później rozszerzone do 33 samolotów.
linie lotnicze przeżywały okres zawirowań w 2017 roku. W obliczu bezprecedensowego wzrostu (spowodowanego dodaniem nowego samolotu), Horizon doświadczył poważnego niedoboru pilotów, zmuszając linie lotnicze do anulowania setek lotów i opóźnienia dostawy nowych samolotów. Niedobór pilotów był częścią szerszego problemu dotykającego wszystkie regionalne linie lotnicze, ale szczególnie mocno dotknął Horizon. Po tym, jak w 2013 r., po dekadzie spowolnienia, branża lotnicza zaczęła się odbijać, przewoźnicy lotniczy mainline zaczęli zatrudniać pilotów, głównie od przewoźników regionalnych, którzy oferują niskie płace i ograniczone możliwości awansu. Bardziej doświadczeni piloci regionalnych przewoźników przenieśli się na wyższe płatne linie główne. Horizon odpowiedział drastycznie zwiększonym wynagrodzeniem dla załóg lotniczych i współpracował z siostrzaną linią lotniczą Alaska, aby stworzyć więcej możliwości awansu. W rezultacie pojawia się napływ nowych, młodych pilotów o mniejszym doświadczeniu.
w odpowiedzi na kryzys Alaska przeniosła część swoich lotów z Horizon do swojego innego partnera Regionalnego, Skywest Airlines. To było posunięcie, które dyrektor generalny Horizon określił jako ” przygnębiające.”Ze względu na przesunięcie, SkyWest zamówił dodatkowe samoloty Embraer 175, które będą latać na Alaskę.
pod koniec roku dyrektor generalny Horizon Dave Campbell ogłosił, że ustąpi ze stanowiska 5 stycznia 2018 roku z powodów osobistych. Gary Beck został dyrektorem generalnym w styczniu 2018 roku. W listopadzie 2019 były emeryt firmy Joe Sprague powrócił do Horizon Air jako prezes.
od października 2020 r.linia lotnicza ma siedzibę na przedmieściach Seattle w SeaTac, w stanie Waszyngton, niedaleko międzynarodowego lotniska Seattle–Tacoma, a główna baza lotnicza znajduje się na Międzynarodowym Lotnisku Portland. Horizon uważa również porty lotnicze Seattle-Tacoma i Portland za swoje węzły.