Alchemik opowiada historię młodego pasterza o imieniu Santiago, który jest w stanie znaleźć skarb przekraczający jego najśmielsze marzenia . Po drodze uczy się słuchać swojego serca i, co ważniejsze, uświadamia sobie, że jego marzenia lub jego osobista Legenda są nie tylko jego, ale częścią duszy wszechświata.

Santiago jest skromnym pasterzem, którego pragnień jest niewiele–chce swobodnie wędrować ze swoimi owcami, napić się wina w swojej winnicy i książki w torbie. Los interweniuje jednak w postaci powracającego snu o wielkim skarbie ukrytym tysiące mil od podstawy egipskich piramid. Kiedy Santiago spotyka Melchizedeka, dziwnego mędrca, który twierdzi, że jest królem z dalekiej krainy, postanawia poszukać swojego skarbu. Następnego dnia Santiago sprzedaje owce i wyrusza do Afryki, by realizować swoje marzenie.

po przybyciu do Afryki okazuje się jednak, że nie będzie tak łatwo, jak myślał. Pierwszego dnia Santiago jest w Tangerze, zostaje okradziony i zostawiony zupełnie sam, nie mogąc mówić ani jednego słowa po arabsku. Początkowo Santiago rozważa poddanie się i odwrócenie się. Pamięta jednak słowa mędrca i postanawia kontynuować-dostać pracę w lokalnym sklepie z Kryształami. Po rocznej pracy w sklepie z Kryształami, dowiedzeniu się wiele o życiu i swojej osobistej legendzie, Santiago zarabia wystarczająco dużo pieniędzy, aby kupić nowe stado owiec i wrócić do domu. W ostatniej chwili jednak Santiago postanawia zaryzykować wszystko i dołączyć do karawany do Egiptu.

Pewnego razu w karawanie Santiago spotyka Anglika, który przybył aż do Afryki w poszukiwaniu znanego alchemika. Podczas podróży przez pustynię Anglik opowiada Santiago o tajemnicach alchemii. Santiago uważa, że idee Anglika są bardzo podobne do idei Melchizedeka. obaj mówią o duszy świata, z którym wszyscy jesteśmy połączeni, i o konieczności podążania za prawdziwymi pragnieniami naszego serca lub naszą osobistą legendą. Santiago jednak woli poznawać te sekrety obserwując świat, podczas gdy Anglik woli uczyć się z skomplikowanych książek. Podczas podróży zaczynają słyszeć pogłoski o nadchodzącej wojnie plemiennej.

Kiedy wreszcie docierają do oazy Al-Fayoum–domu tytularnego alchemika–Santiago poznaje piękną dziewczynę o imieniu Fatima, w której natychmiast się zakochuje. Odkrywa, że miłość, podobnie jak osobista legenda, pochodzi bezpośrednio z duszy świata. Idąc po pustyni, Santiago ma wizję nadchodzącej bitwy. Po powrocie ostrzega starszych w oazie, a gdy jego wizja jest potwierdzona, oferują mu posadę doradcy. Santiago rozważa pobyt w oazie z Fatimą, ale Alchemik odnajduje Santiago i mówi mu, że doprowadzi Santiago do jego skarbu.

Po raz kolejny w ruchu Alchemik uczy Santiago słuchać jego serca. Serca mogą być zdradzieckie, ale najlepszym sposobem na powstrzymanie ich przed oszukaniem jest ich uważne słuchanie. Prawie do piramid, Santiago i alchemik zostają wzięci do niewoli przez walczące plemię. Alchemik mówi plemionom, że Santiago jest potężnym magiem, który może zamienić się w wiatr. Plemię jest pod wrażeniem i oszczędzi życie ludzi, jeśli Santiago to zrobi. Problem w tym, że Santiago nie ma pojęcia, co robi. Po trzech dniach medytacji Santiago wykorzystuje swoją wiedzę o duszy świata, aby poprosić żywioły o pomoc. Najpierw pyta pustynię, potem pyta wiatr, potem pyta słońce, a na koniec pyta duszę Świata. Santiago znika i pojawia się po drugiej stronie obozu.

alchemik opuszcza Santiago, który kontynuuje podróż do piramid. Na miejscu Santiago zostaje zaatakowany przez rabusiów. Zapytany, co tam robi, Santiago odpowiada, że marzył o skarbie Zakopanym u podstawy piramid. Jeden ze zbójców śmieje się z niego i mówi, że miał dokładnie ten sam sen, z wyjątkiem tego, że w jego skarbie został pochowany w Hiszpanii. Santiago uświadamia sobie, że skarb cały czas był w Hiszpanii.

historia następnie skacze do przodu w czasie i znajduje Santiago kopanie dziury u podstawy drzewa, gdzie miał swój pierwszy sen. Na pewno znajduje kufer pełen złota-na tyle, by on i Fatima żyli długo i szczęśliwie.