Ikke-Patogene organismer er de som ikke forårsaker sykdom, skade eller død til en annen organisme og brukes vanligvis til å beskrive bakterier. Det beskriver en egenskap av en bakterie – dens evne til å forårsake sykdom. De fleste bakterier er ikke-patogene. Det kan beskrive tilstedeværelsen av ikke-sykdomsfremkallende bakterier som normalt ligger på overflaten av vertebrater og hvirvelløse dyr som kommensaler. Noen ikke-patogene mikroorganismer er kommensaler på og inne i kroppen av dyr og kalles mikrobiota. Noen av de samme ikke-patogene mikroorganismer har potensial til å forårsake sykdom, eller være patogene hvis de kommer inn i kroppen, multipliserer og forårsaker symptomer på infeksjon. Immunkompromitterte individer er spesielt utsatt for bakterier som vanligvis ikke er patogene, men på grunn av et kompromittert immunsystem oppstår sykdom når disse bakteriene får tilgang til kroppens indre. Gener har blitt identifisert som predisponerer sykdom og infeksjon med ikke-patogene bakterier av et lite antall personer. Ikke-Patogen E.coli-stammer som normalt finnes i mage-tarmkanalen, har evnen til å stimulere immunresponsen hos mennesker, selv om det er behov for ytterligere studier for å bestemme kliniske applikasjoner.

Commensals vs patogener mekanisme. Mekanismer som ligger til grunn for betennelsen i KOL. Luftveisepitel har kompleks struktur: består av minst syv forskjellige celletyper som interagerer med hverandre ved hjelp av tette veikryss. Videre kan epiteliale samtaler levere signalene til det underliggende vevet som deltar i mekanismene til medfødt og adaptivt immunforsvar. Nøkkelsenderne til signalene er dendritiske celler. Når patogene bakterier (F. eks. s. pneumoniae, p. aeruginosa) har aktivert spesielle mønstergjenkjenningsreseptorer på / i epitelceller, aktiveres de proinflammatoriske signalveiene. DETTE resulterer hovedsakelig I PRODUKSJON AV IL-1, IL-6 OG IL-8. Disse cytokinene induserer kjemotaksen til infeksjonsstedet i målcellene (f. eks. nøytrofiler, dendrittiske celler og makrofager). På den annen side forårsaker representanter for standard mikrobiota bare svak signalering som forhindrer betennelsen. Mekanismen for å skille mellom ufarlige og skadelige bakterier på molekylære så vel som på fysiologiske nivåer er ikke helt forstått.

en bestemt bakteriestamme kan være ikke-patogen i en art, men patogen i en annen. En art av bakterier kan ha mange forskjellige typer eller stammer. En stamme av en bakterieart kan være ikke-patogen og en annen stamme av samme bakterie kan være patogen.