1990年代以降、真菌の分類に劇的な変化が起こっています。 伝統的にchytridiomycota門とZygomycotaに配置された真菌の関係の理解の改善は、時代遅れのタクソンの溶解と新しいタクソンの生成をもたらしました。 Chytridiomycotaは保持されていますが、制限された意味ではありません。 Chytridiomycotaの伝統的な注文の一つ、Blastocladialesは、Blastocladiomycotaとして門の状態に提起されています。 同様に、嫌気性第一胃chytridsのグループは、以前はneocallimastigalesとして知られており、明確な門、Neocallimastigomycotaとして認識されています。 接合菌門は、伝統的にこの門に置かれてきたグループ間の関係についての疑問が残っているため、真菌の系統発生分類には受け入れられていない。 この決定の結果は、糸球体菌門と四つのsubphyla incertae sedis（ラテン語で”不確実な位置の”）の認識である。: Ｍｕｃｏｒｏｍｙｃｏｔｉｎａ、Ｋｉｃｋｘｅｌｌｏｍｙｃｏｔｉｎａ、Ｚｏｏｐａｇｏｍｙｃｏｔｉｎａ、およびＥｎｔｏｍｏｐｈｔｈｏｒｏｍｙｃｏｔｉｎａ。

キングダム菌と呼ばれる単系統クレードを構成する真菌は、Chytridiomycota、Blastocladiomycota、Neocallimastigomycota、Microsporidia、Glomeromycota、Ascomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycota、Chytridiomycotaそして担子菌（後者の2つは亜キンドムdikaryaで結合されている）。 先祖の真菌のグループは、現在のChytridiomycotaによって表されると考えられているが、Microsporidiaは同じように古代の姉妹グループである可能性がある。 高等真菌の進化における最初の主要なステップは、600万年前から800万年前に陸生真菌が水カビから分岐したときに発生したchytrid鞭毛の喪失と分岐した無菌真菌フィラメントの発達であった。 中隔フィラメントは、約500万年前に前担子菌と前子嚢菌の複合クレードから糸球体菌門が分岐するにつれて進化した。 現代の担子菌類の特徴的な外観を持つ菌糸は、植物の化石の最も初期の既知の標本のいくつかで見ることができる。 したがって、子嚢菌門と担子菌門は、おそらく約300万年前にサブキンドムディカルヤに一緒に配置されている、いわゆる姉妹グループとして分岐した。 容易に認識可能なキノコの真菌は、おそらく開花植物が植物相の重要な部分となり、恐竜の時代の前にすぐに、130万年から200万年前に多様化しました。 草や放牧哺乳類がより豊富になったように嫌気性Chytridiomycotaの比較的最近の進化の放射線、おそらく60万から80万年前に、発生しました; chytridの菌類はそのような動物の第一胃の内のsymbiontsとして、それにより牧草を消化することを牧草を食べるほ乳類を可能にする役立ちます。

デビッド-ムーア