Come abbiamo visto nella speciazione, il fattore principale nella definizione delle specie è l’isolamento riproduttivo, la mancanza di incroci con altri gruppi o l’isolamento riproduttivo. Questo passaggio cruciale può avvenire in molti modi diversi. Alcuni sono drammatici come le catene montuose che crescono tra le popolazioni e altri sono sottili come l’incompatibilità chimica dei gameti.

Esistono due categorie principali di isolamento riproduttivo: prezigotico e postzigotico. L’isolamento prezigotico si verifica prima che possa avvenire la formazione di uno zigote. Nella maggior parte dei casi l’accoppiamento non si verifica nemmeno. Le forme di isolamento prezigotico includono l’isolamento spaziale, comportamentale, meccanico e temporale. L’isolamento postzigotico si verifica dopo che i membri di due specie diverse si sono accoppiati e hanno prodotto uno zigote. La prole di un tale accoppiamento è chiamata ibrido. Gli ibridi sono spesso incapaci di riprodursi, quindi la produzione di un ibrido non è considerata un accoppiamento di successo. Gli ibridi sono impediti dalla riproduzione da anomalie dello sviluppo che impediscono loro di maturazione sessuale, cattiva salute che provoca la maggior parte a morire prima di raggiungere la maturità sessuale, o per sterilità.