1990-luvulta lähtien sienten luokittelussa on tapahtunut dramaattisia muutoksia. Perinteisesti phyla Chytridiomycota-ja Zygomycota-sukuihin sijoitettujen sienten suhteiden parempi ymmärtäminen on johtanut vanhentuneiden taksonien hajoamiseen ja uusien taksonien syntyyn. Chytridiomycota säilyy, mutta suppeassa merkityksessä. Yksi chytridiomycotan perinteisistä lahkoista, Blastocladiales, on nostettu phylum statukseen nimellä Blastocladiomycota. Vastaavasti anaerobisten pötsikytridien ryhmä, aiemmin lahko Neocallimastigales, on tunnustettu erilliseksi pääjaksoksi, Neocallimastigomycota. Zygomycota-pääjaksoa ei hyväksytä sienten fylogeneettiseen luokitteluun, koska tähän pääjaksoon perinteisesti sijoitettujen ryhmien välisiä suhteita epäillään edelleen. Tämän päätöksen seuraukset ovat glomeromycota-pääjakson ja neljän subphyla incertae sedis-alalajin (latinaksi ”epävarma asema”)tunnustaminen.: Mucoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina ja Entomophthoromycotina.

todellisiin sieniin, jotka muodostavat valtakunnansieniksi kutsutun monofyleettisen kladin, kuuluu seitsemän fylaa: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Mikrosporidia, Glomeromycota, Ascomycota, ja basidiomycota (kaksi jälkimmäistä yhdistetään alikuningaskunnaksi dikarya). Kantasienten ryhmän arvellaan edustavan nykyistä Chytridiomycota, joskin Mikrosporidia saattaa olla yhtä vanha sisarryhmä. Ensimmäiset suuret askeleet korkeampien sienten evoluutiossa olivat chytrid flagellumin häviäminen ja haaroittuvien, aseptisten sienirihmastojen kehittyminen, jotka tapahtuivat maasienten erkaantuessa veden homeista 600-800 miljoonaa vuotta sitten. Septaattisäikeet kehittyivät, kun Glomeromycota erkani pre-basidiomycota-ja pre-ascomycota-sienten Yhdistyneestä kladista noin 500 miljoonaa vuotta sitten. Hyphae, jolla on nykyisen Basidiomycotan tyypillinen ulkonäkö, voidaan nähdä eräissä varhaisimmissa tunnetuissa kasvifossiilien yksilöissä. Siksi Ascomycota ja Basidiomycota luultavasti erosivat niin sanottuina sisarryhminä, jotka on sijoitettu yhteen subkingdom Dikaryassa noin 300 miljoonaa vuotta sitten. Helposti tunnistettavat sienisienet luultavasti monipuolistuivat 130-200 miljoonaa vuotta sitten, pian kukkivien kasvien tultua tärkeäksi osaksi kasvistoa ja paljon ennen dinosaurusten aikakautta. Suhteellisen tuore evoluutiosäteily, ehkä 60-80 miljoonaa vuotta sitten, anaerobinen Chytridiomycota tapahtui, kun Heinät ja laiduntavat Nisäkkäät runsastuivat; chytrid-sienet toimivat symbiontteina tällaisten eläinten pötsissä, jolloin laiduntavat Nisäkkäät pystyvät sulattamaan ruohoja.

David Moore