Horizon Airin perustivat toukokuussa 1981 Milt Kuolt, Joe Clark ja Bruce McCaw, joiden suunnitelmissa oli aluksi lentää Havaijille, mutta myöhemmin se muutettiin palvelemaan Washingtonin osavaltiota. Syyskuuta 1981 kolme Fairchild F-27-konetta. Sen päämaja sijaitsi alueella, joka on nykyisin Seatacin sisällä Washingtonissa.
Horizon Airin ensimmäinen reitti oli Yakimasta Seattleen ja viikkoa myöhemmin Pascosta Seattleen. Horizon Airin yleiset toimistot toimivat vanhassa talossa Sea-TACin Lentokentän takana. Horizon osti Air Oregonin 17. kesäkuuta 1982, kun molemmat lentoyhtiöt menettivät kuukausittain satojatuhansia dollareita vahvistaakseen ja pienentääkseen toimintavajettaan. Horizon sopi ostavansa Utahin Transwestern Airlinesin syyskuussa 1983, jälleen yrittääkseen pienentää lentoyhtiön toimintavajetta.
yksi Fokker F28 Fellowship twin jet, joka ostettiin heinäkuussa 1984 afrikkalaiselta lentoyhtiöltä oli ensimmäinen Horizon Airin omistama suihkukone (ensimmäinen Horizonin operoima suihkukone oli kuitenkin wet leasing Douglas DC-9-10).
vuonna 1985 järjestettiin osakeanti käyttöpääoman turvaamiseksi, jota tarvittiin lentoyhtiön pystyssä pitämiseksi vain yhden kannattavan vuoden jälkeen. Samana kesänä Horizon solmi ensimmäisen codeshare-sopimuksensa United Airlinesin kanssa, ja 8.syyskuuta Horizon solmi sopimuksen de Havilland Canadan kanssa yhtiön ensimmäisen upouuden lentokoneen, de Havilland Canada Dash 8-100 twin-potkuriturbiinikoneen ostamisesta.
loppuvuodesta 1985 Horizon teki sopimuksen pääkilpailijansa Cascade Airwaysin ostamisesta Washingtonissa, mutta vuoden 1986 alussa ne vapautettiin sopimuksesta. Fuusioneuvottelut kaksikon välillä olivat alkaneet vuoden 1982 lopulla.
tammikuussa 1986 lentoyhtiöstä tuli kansainvälinen lentoyhtiö, kun se aloitti liikennöinnin Calgaryyn Albertaan yhdessä Cascade Airwaysin kanssa.
Alaska Airlines teki sopimuksen Horizon Airin ostamisesta marraskuussa 1986. Edellisenä vuonna Alaskassa oli tehty suuri yrityssaneeraus, jossa lentoyhtiön omistaa nyt Alaska Air Group, joka on lentoyhtiöiden holdingyhtiö. Sopimuksen mukaan Alaska Air Group tuli Horizon Airin omistajaksi liikenneministeriön hyväksynnän jälkeen joulukuun lopulla. Alaska Air Group jatkoi Horizonin toimintaa erikseen brändättynä lentoyhtiönä tekemällä codeshare-sopimuksen uuden sisaryhtiönsä Alaskan kanssa ja lopettaen samalla codesharen United Airlinesin kanssa.
vuonna 1988 Horizon solmi code share-sopimuksen Northwest Airlinesin kanssa.
kansainvälistä palvelua laajennettiin toukokuussa 1989 lennoilla Vancouveriin ja Victoriaan Brittiläisessä Kolumbiassa käyttäen sekä Dash 8-100-koneita että Fairchild Swearingen Metroliner-potkuriturbiinikoneita.
Horizon oli Dornier 328-potkuriturbiinikoneen laukaisuasiakas, joka aikoi korvata Metrolinerit tällä uudella lentokoneella, joka lupasi nopeutta ja mukavuutta suihkukoneiden kanssa. Tunnustuksena tilauksesta Dornier maalasi toisen prototyyppinsä 328: sta horisontin värein. Kaksitoista konetta toimitettiin marraskuun 1993 ja marraskuun 1995 välisenä aikana, mutta ne poistettiin nopeasti käytöstä vuonna 1997, jolloin kalusto standardoitiin Dash 8-sarjan potkuriturbiinikoneiksi.
koko historiansa ajan Horizon on toiminut joko itsenäisenä lentoyhtiönä tai Alaska Airlinesin alueellisena tytäryhtiönä suurimman osan historiastaan, paitsi vuosina 2004-2007, jolloin se operoi Bombardier CRJ-700-koneita Frontier Airlinesin lukuun.
loppuvuodesta 2010 Horizonin emoyhtiö, Alaska Air Group, teki päätöksen, ettei Horizonia enää operoida erillisenä alueellisena lentoyhtiönä. 1. tammikuuta 2011 alkaen Horizon siirtyi kapasiteettien ostosopimuksen (CPA) liiketoimintamalliin, josta oli siihen mennessä tullut alueellisen ilmailualan standardi. CPA: n mukaan Horizon operoi ja huoltaa lentokoneitaan, kun taas Alaska Airlines vastaa kaikkien lentojen aikatauluttamisesta, markkinoinnista ja hinnoittelusta. Osana muutosta uuteen liiketoimintamalliin Horizon Air-brändi poistettiin käytöstä ja kaikki Horizon-koneet maalattiin uudelleen yhteisbrändillä ”Alaska Horizon”.
Alaska Airlines solmi vastaavan kapasiteetin ostosopimuksen SkyWest Airlinesin kanssa toukokuussa 2011. Osana sopimusta Alaska Air Groupin johtajat sopivat Horizonin viiden Bombardier CRJ-700-aluesuihkukoneen myynnistä Skywestille, joka käytti koneita kuudella länsirannikon reitillä nimellä ”Alaska SkyWest”. Siirry vasemmalle Horizon kalustolla, joka koostuu yhdestä konetyypistä; Bombardier Dash 8-Q400-potkuriturbiinikoneesta.
Horizon ilmoitti huhtikuussa 2016 laajentavansa laivastoaan ja liikennöivänsä jälleen alueellisesti suihkukoneita, jotka tilaavat 30 Embraer 175-lentokonetta. Tilaus on lentoyhtiön historian suurin, ja se laajennettiin myöhemmin 33 suihkukoneeseen.
lentoyhtiö koki myllerryksen vuonna 2017. Horizon kärsi ennennäkemättömästä kasvusta (uusien lentokoneiden lisäämisen vauhdittamana), minkä vuoksi lentoyhtiö joutui perumaan satoja lentoja ja viivästyttämään uusien koneiden toimituksia. Lentäjäpula oli osa laajempaa ongelmaa, joka koski kaikkia alueellisia lentoyhtiöitä, mutta iski Horizoniin erityisen voimakkaasti. Kun ilmailuala alkoi elpyä vuonna 2013 vuosikymmenen kestäneen laskusuhdanteen jälkeen, päälentoyhtiöt alkoivat palkata lentäjiä lähinnä alueellisista lentoyhtiöistä, jotka tarjoavat alhaisia palkkoja ja rajallisia etenemismahdollisuuksia. Kokeneemmat alueelliset lentotukialuslentäjät siirtyivät paremmin maksaville päälinjoille. Horizon vastasi lentohenkilökunnan palkankorotuksilla ja työskenteli sisaryhtiönsä Alaskan kanssa luodakseen lisää etenemismahdollisuuksia. Sen seurauksena maahan virtaa uusia, nuoria lentäjiä, joilla on vähemmän kokemusta.
kriisin vuoksi Alaska siirsi osan lennoistaan Horizonilta toiselle alueelliselle kumppanilleen SkyWest Airlinesille. Se oli siirto, jota Horizonin toimitusjohtaja kuvaili ” masentavaksi.”Työvuoron vuoksi SkyWest tilasi lisää Embraer 175-lentokoneita, joilla se lentää Alaskaan.
levottoman vuoden lopussa Horizonin toimitusjohtaja Dave Campbell ilmoitti eroavansa tehtävästään 5.tammikuuta 2018 henkilökohtaisten syiden vuoksi. Gary Beck tuli toimitusjohtajaksi tammikuussa 2018. Marraskuussa 2019 yhtiön entinen eläkeläinen Joe Sprague palasi Horizon Airin toimitusjohtajaksi.
lokakuusta 2020 alkaen lentoyhtiön pääkonttori sijaitsee Seattlen esikaupungissa Seatacissa Washingtonissa lähellä Seattle–Tacoman kansainvälistä lentoasemaa, ja lentoyhtiön ensisijainen huoltotukikohta on Portlandin kansainvälisellä lentoasemalla. Horizon pitää myös Seattlen-Tacoman ja Portlandin lentoasemia solmukohtinaan.