ei-patogeeniset organismit ovat organismeja, jotka eivät aiheuta sairautta, haittaa tai kuolemaa toiselle eliölle, ja niitä käytetään yleensä bakteerien kuvaamiseen. Se kuvaa bakteerin ominaisuutta-sen kykyä aiheuttaa sairauksia. Useimmat bakteerit eivät ole patogeenisiä. Se voi kuvata selkärankaisten ja selkärangattomien pinnalla normaalisti asuvien muiden kuin tautia aiheuttavien bakteerien esiintymistä yhteismitallisina. Jotkin ei-patogeeniset mikro-organismit ovat eläinten kehossa ja sen sisällä olevia yhteismitallisia ja niitä kutsutaan mikrobeiksi. Jotkut näistä samoista ei-patogeenisistä mikro-organismeista voivat aiheuttaa sairauksia tai olla patogeenisiä, jos ne tulevat kehoon, lisääntyvät ja aiheuttavat infektion oireita. Immuunipuutteiset yksilöt ovat erityisen alttiita bakteereille, jotka ovat tyypillisesti nonpathogenic mutta koska heikentynyt immuunijärjestelmä, sairaus tapahtuu, kun nämä bakteerit pääsevät kehon sisäosiin. Taudeille ja ei-patogeenisten bakteerien tartunnalle altistavia geenejä on tunnistettu pienellä joukolla. E.tavallisesti ruoansulatuskanavassa olevilla coli-kannoilla on kyky stimuloida ihmisen immuunivastetta, vaikka kliinisten sovellusten määrittämiseksi tarvitaan lisätutkimuksia.

Yhteismitalliset vs. patogeenien mekanismi. Keuhkoahtaumataudin tulehduksen taustalla olevat mekanismit. Hengitysteiden epiteelillä on monimutkainen rakenne: se koostuu vähintään seitsemästä erilaisesta solutyypistä, jotka ovat vuorovaikutuksessa toistensa kanssa tiiviiden liitosten avulla. Lisäksi epiteelikutsut voivat toimittaa signaalit taustalla oleviin kudoksiin, jotka osallistuvat synnynnäisen ja adaptiivisen immuunipuolustuksen mekanismeihin. Signaalien keskeisiä lähettimiä ovat dendriittisolut. Kun patogeeninen bakteeri (esim.S. pneumoniae, P. aeruginosa) on aktivoinut tiettyjä kuvantunnistusreseptoreita epiteelisoluissa/epiteelisoluissa, proinflammatoriset signalointireitit aktivoituvat. Tämä johtaa lähinnä IL-1: n, IL-6: n ja IL-8: n tuotantoon. Nämä sytokiinit indusoivat kemotaksin kohdesolujen (esim.neutrofiilit, dendriittisolut ja makrofagit) infektiokohtaan. Toisaalta tavallisen mikrobiston edustajat aiheuttavat vain heikkoa signalointia, joka estää tulehduksen. Mekanismia, jolla vaarattomat ja haitalliset bakteerit voidaan erottaa molekyylissä sekä fysiologisilla tasoilla, ei täysin tunneta.

tietty bakteerikanta voi olla yhdellä lajilla ei-patogeeninen mutta toisella patogeeninen. Yhdellä bakteerilajilla voi olla monia eri tyyppejä tai kantoja. Bakteerilajin yksi kanta voi olla nonpatogeeninen ja saman bakteerin toinen kanta voi olla patogeeninen.