Pepsin, det kraftige ferment i mavesaft, der fordøjer proteiner som dem i kød, æg, frø eller mejeriprodukter. Pepsin er den modne aktive form af pepsinogen (inaktivt protein).

Pepsin blev først anerkendt i 1836 af den tyske fysiolog Theodor Schvann. I 1929 blev dets krystallisering og protein natur rapporteret af den amerikanske biokemiker John Northrop fra Rockefeller Institute for Medical Research. Northrop modtog senere en andel af Nobelprisen i kemi i 1946 for sit arbejde med succes at rense og krystallisere.)

kirtler i slimhinden i maven gør og opbevarer pepsinogen. Det er en af de mest almindelige årsager til pepsin i maven, og det er en af de mest almindelige årsager til pepsin i maven. Pepsins fordøjelsesevne er størst ved surhedsgraden af normal mavesaft (pH 1,5–2,5). I tarmen neutraliseres mavesyrerne (pH 7), og pepsin er ikke længere effektivt.i fordøjelseskanalen påvirker pepsin kun delvis nedbrydning af proteiner i mindre enheder kaldet peptider, som derefter enten absorberes fra tarmen ind i blodbanen eller nedbrydes yderligere af pancreassymer.

små mængder pepsin passerer fra maven ind i blodbanen, hvor det nedbryder nogle af de større eller stadig delvist ufordøjede fragmenter af protein, der kan være blevet absorberet af tyndtarmen.

kronisk tilbagestrømning af pepsin, syre og andre stoffer fra maven ind i spiserøret danner grundlaget for refluksbetingelser, især gastroøsofageal reflukssygdom og laryngopharyngeal refluks (eller ekstraesophageal refluks). I sidstnævnte rejser pepsin og syre helt op til strubehovedet, hvor de kan forårsage skade på laryngeal slimhinde og producere symptomer lige fra hæshed og kronisk hoste til laryngospasme (ufrivillig sammentrækning af stemmebåndene) og laryngeal kræft.

Pepsin fremstilles kommercielt fra svinekæmper. Rå pepsin bruges i læderindustrien til at fjerne hår og resterende væv fra dyrehud, før de bliver garvet. Det bruges også til genopretning af sølv fra kasserede fotografiske film ved at fordøje gelatinelaget, der holder sølvforbindelsen.