Pepsin, silný enzym v žaludeční šťávě, který tráví proteiny, jako jsou proteiny v mase, vejcích, semenech nebo mléčných výrobcích. Pepsin je zralá aktivní forma zymogenu (neaktivního proteinu) pepsinogenu.

Pepsin byl nejprve rozpoznán v roce 1836 německý fyziolog Theodor Schwann. V roce 1929 o jeho krystalizaci a proteinové povaze informoval americký biochemik John Howard Northrop z Rockefellerova Institutu pro lékařský výzkum. (Northrop později získal podíl na Nobelově ceně za chemii z roku 1946 za svou práci při úspěšném čištění a krystalizaci enzymů.)

žlázy v sliznici žaludku vytvářejí a ukládají pepsinogen. Impulsy z vagus nervová a hormonální sekrece gastrinu a sekretin stimuluje uvolňování pepsinogen do žaludku, kde se mísí s kyselinou chlorovodíkovou a rychle přeměňuje na aktivní enzym pepsin. Trávicí síla pepsinu je největší při kyselosti normální žaludeční šťávy (pH 1,5-2,5). Ve střevě jsou žaludeční kyseliny neutralizovány (pH 7) a pepsin již není účinný.

V trávicím traktu pepsin účinky pouze částečná degradace proteinů na menší jednotky zvané peptidy, které pak buď jsou absorbovány ze střeva do krevního oběhu, nebo jsou členěny ještě dále tím, že pankreatické enzymy.

Malé množství pepsinu projít z žaludku do krevního oběhu, kde se rozkládá některé z větších, nebo ještě částečně nestrávené fragmenty bílkovin, které mohou být absorbovány v tenkém střevě.

Chronické zpětnému toku pepsin, kyselinu a další látky ze žaludku do jícnu tvoří základ pro reflux podmínky, zejména refluxní choroba jícnu a laryngopharyngeal reflux (nebo extraesophageal reflux). V druhé, pepsinu a kyseliny cestovat nahoru do hrtanu, kde mohou způsobit poškození sliznice hrtanu a produkovat symptomy, od chrapot a chronický kašel k laryngospasmu (mimovolní kontrakce hlasivky) a rakovina hrtanu.

Pepsin se komerčně připravuje z prasečích žaludků. Surový pepsin se používá v kožedělném průmyslu k odstranění srsti a zbytkové tkáně ze zvířecích kůží před jejich vyčiněním. Používá se také při regeneraci stříbra z vyřazených fotografických filmů trávením želatinové vrstvy, která drží stříbrnou sloučeninu.