nepatogenní organismy jsou ty, které nezpůsobují onemocnění, poškození nebo smrt jinému organismu a obvykle se používají k popisu bakterií. Popisuje vlastnost bakterie – její schopnost způsobit onemocnění. Většina bakterií je nepatogenní. Může popsat přítomnost bakterií, které nezpůsobují onemocnění, které se obvykle nacházejí na povrchu obratlovců a bezobratlých jako komenzály. Některé nepatogenní mikroorganismy jsou komenzály na těle zvířat a uvnitř těla a nazývají se mikrobiota. Některé z těchto stejných nepatogenních mikroorganismů mají potenciál způsobit onemocnění nebo být patogenní, pokud vstoupí do těla, množí se a způsobují příznaky infekce. Imunokompromitovaní jedinci jsou obzvláště citlivé na bakterie, které jsou obvykle nepatogenní, ale kvůli oslabeným imunitním systémem, nemoc se vyskytuje, když se tyto bakterie získat přístup k tělu interiéru. Byly identifikovány geny, které předurčují onemocnění a infekci nepatogenními bakteriemi malým počtem osob. Nepatogenní E.kmeny coli, které se běžně vyskytují v gastrointestinálním traktu, mají schopnost stimulovat imunitní odpověď u lidí, i když pro stanovení klinických aplikací jsou zapotřebí další studie.

Commensals vs patogenům mechanismus. Mechanismy, které jsou základem zánětu u CHOPN. Dýchacích cest epitel má složitou strukturu: skládá se z nejméně sedmi různých typů buněk, interakci s navzájem pomocí tight junctions. Navíc epiteliální volání může dodávat signály do podkladových tkání, které se účastní mechanismů vrozené a adaptivní imunitní obrany. Klíčovými vysílači signálů jsou dendritické buňky. Jakmile patogenní bakterie (např. s. pneumoniae, P. aeruginosa) aktivují specifické receptory rozpoznávání vzorů na / v epiteliálních buňkách, aktivují se prozánětlivé signální dráhy. Výsledkem je hlavně výroba IL-1, IL-6 a IL-8. Tyto cytokiny indukují chemotaxi do místa infekce v cílových buňkách (např. neutrofily, dendritické buňky a makrofágy). Na druhé straně zástupci standardní mikrobioty způsobují pouze slabou signalizaci zabraňující zánětu. Mechanismus rozlišování mezi neškodnými a škodlivými bakteriemi na molekulární i fyziologické úrovni není zcela pochopen.

určitý kmen bakterií může být u jednoho druhu nepatogenní, ale u jiného patogenní. Jeden druh bakterie může mít mnoho různých typů nebo kmenů. Jeden kmen druhu bakterie může být nepatogenní a jiný kmen stejné bakterie může být patogenní.