od 90. let došlo v klasifikaci hub k dramatickým změnám. Lepší porozumění vztahům hub tradičně umístěných ve kmeni Chytridiomycota a Zygomycota vedlo k rozpuštění zastaralých taxonů a generování nových taxonů. Chytridiomycota je zachována, ale v omezeném smyslu. Jeden z tradičních řádů Chytridiomycoty, Blastocladiales, byl povýšen do stavu kmene jako Blastocladiomycota. Podobně skupina anaerobních bachoru chytrids, dříve známý jako řád Neocallimastigales, byl rozpoznán jako zřetelný kmen, Neocallimastigomycota. Do podkmene Zygomycota, není přijat v fylogenetická klasifikace hub, protože zbývající pochybnosti o vztazích mezi skupinami, které byly tradičně umístěny v tomto kmenu. Důsledky tohoto rozhodnutí jsou uznání kmene Glomeromycota a čtyř subphyla incertae sedis (latinsky „nejisté pozice“): Mukoromycotina, Kickxellomycotina, Zoopagomycotina a Entomophtoromycotina.

pravda hub, které tvoří monophyletic clade nazývá království Hub, se skládá ze sedmi oddělení: Chytridiomycota, Blastocladiomycota, Neocallimastigomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Ascomycota a Basidiomycota (druhé dva jsou v kombinaci v subkingdom Dikarya). Skupina předků hub je myšlenka být reprezentován dnešní Chytridiomycota, i když Microsporidia může být stejně staří sesterské skupiny. První významné kroky v evoluci vyšších hub byly ztráty chytridiomycety bičík a rozvoj větvení, aseptate houbových vláken, která se objevila jako suchozemské houby lišily od vody forem 600 milionů na 800 milionů let. Septate vláken vyvinul jako Glomeromycota rozcházely z kombinované clade pre-basidiomycota a pre-vřeckovýtrusnou houbu před 500 miliony lety. Hyfy s charakteristickým vzhledem moderní Basidiomycoty lze vidět v některých z prvních známých exemplářů rostlinných fosilií. Proto, Ascomycota a Basidiomycota pravděpodobně lišily jako tzv. sesterské skupiny, které jsou společně umístěny v subkingdom Dikarya, asi před 300 miliony let. Snadno rozpoznatelné houby houby asi diverzifikované 130 milionů na 200 milionů před lety, brzy po odkvětu rostliny se stal důležitou součástí flóry a dávno před érou dinosaurů. Relativně nedávné evoluční záření, možná 60 milion až 80 před miliony let, anaerobní Chytridiomycota nastala, když se trávy a pasoucí se savci stali hojnějšími; chytridové houby slouží jako symbionty v bachoru těchto zvířat, což umožňuje pasoucím se savcům trávit trávy.

David Moore